血中HBV DNA的存在是HBV感染最为直接，最为灵敏和最为特异的指标。HBV DNA检测方法目前在国内使用最广的是聚合酶链反应(PCR)。使用PCR检测血中HBV DNA，其临床诊疗价值主要有：
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1．急性HBV感染的诊断。当机体感染HBV时，在外周血中HBVDNA的出现要早于其他血清学抗原抗体指标，并且只有HBVDNA存在才会引起感染，因此使用极为灵敏特异的PCR方法检测HBVDNA可为急性HBV感染提供直接证据。
2．可用于筛选献血员，监测血制品的传染性和血源性乙肝疫苗的安全性。
3．HBVDNAPCR检测结果与血清免疫学检测结果的综合评价。乙肝“两对半”或乙肝“六项”(“两对半”加上抗HBc-IgM)的ELISA检测，是临床实验室最常用来检测乙肝的方法，如何看待其检测结果与HBVDNA检测结果之间的关系，是临床医师以及患者最为关心的问题，关系到临床治疗方案的确定。
(1)与HBsAg检测结果的关系：在实践中，常遇到的问题是HBsAg ELISA测定结果与HBVDNA检测结果之间的不一致，有两种情况：一是HBsAg阴性而HBV DNA PCR测定阳性；二是HBsAg阳性但HBVDNA阴性。前者可能是因为HBsAgELISA测定敏感性低，对极低浓度的HBsAg测不出，而PCR具有极高的灵敏度，HBVDNA含量即使很低(甚至低至数个分子)，亦可检测出来；或HBsAg确已消失，但HBVDNA仍持续存在，病毒仍处于低水平复制状态；再有，就是“a”抗原决定簇是HBV中和抗体作用的靶位，其相应的编码基因发生变异，则无法用常规的双抗体(抗HBs)夹心ELISA方法检出HBsAg，变异病毒株则可以逃避机体的免疫监视而持续存在，表现为HBsAg阴性，而HBVDNA阳性。此外，在HBV初期感染时，也可能是有HBV DNA而无HBsAg。HBVDNA阴性才是HBV消除的明确指标。HBsAg阳性而HBVDNA阴性其原因一为血中BVDNA虽然存在，但是在特定的PCR检测方法的下限以下，如有的PCR试剂灵敏度差，检测HBVDNA的下限仅至1 000或100个拷贝。第二种可能为血中存在的HBsAg是由HBVDNA整合到人染色体与宿主基因共同表达所致，所以测不到血清中病毒DNA。通常，HBsAg阳性血清，PCR检测HBVDNA的阳性率约为96％。肝组织活检样本HBVDNAPCR检测阳性率为100％。
(2)与抗HBs的关系：HBV感染后至恢复期抗HBs阳性，血清HBVDNAPCR检测一般为阴性，少部分亦可为阳性，但肝组织HBVDNAPCR阳性率仍可高达77．3％．说明HBV仍存在于肝脏中。
(3)与HBeAg，抗HBe和抗HBc的关系：HBeAg阳性血清，HBVDNAPCR检测几乎全为阳性，并且大部分(超过60％)含量大于107拷贝／m1；HBeAg阴性而抗HBe阳性者，绝大部分HBVDNA含量小于103拷贝／ml，但仍有少部分(约10％)大于107拷贝／ml；在HBsAg阳性和抗HBc阳性者中，有将近一半其血清HBVDNA含量大于103拷贝／ml，约1／3大于107拷贝／m1。慢性乙肝患者外周单个核细胞中HBVDNAPCR检测阳性率较高，是乙肝复发的一个主要原因。上述表明，血清HBeAg阴性和抗HBe阳性，说明病毒复制减弱，血中HBVDNA减少，但并未完全消失，并且少部分患者的HBVDNA含量还可能较高，因此，仅依靠抗原抗体检测，难以判断病毒复制的程度及传染性强弱，PCR检测HBVDNA应是评价传染性的最可靠的方法。
4．治疗效果和抗病毒药物的疗效评价。HBV DNA检测是乙肝病毒抗病毒治疗惟一有效的监测指标，目前国内用于HBVDNA定量测定的方法基本上为聚合酶链反应(PCR)，并以外标准作为定量依据。在临床检验中，任何一种临床检验方法对同一份病人标本在不同的测定批次，检测某种指标均有一定的结果差异，不可能完全一样，就像打靶一样，同一个人用同一支枪，枪再准，人素质再高，也是这次打10环，下次就是9．5环，再次又是10．2环，再或又是10环或只有9环。每次差异的多少跟枪和人有很大关系，像奥运会冠军，每枪间的环数差异就小，像普通人，则差异就很大。临床检验也是如此。PCR用于HBVDNA定量检测，如是使用外部标准进行定量，再加上HBVDNA定量数值大，通常不同测定次间差异会较通常的检验项目大，一般量值变化在一个数量级内均可视为没有变化，因此，当一个HBV DNA PCR定量检验结果为7．2E+08拷贝／ml的乙肝患者，在抗病毒药物如拉米夫啶或干扰素治疗，2周后，再检测，如结果为5．2E+08拷贝／ml，再2周后，结果为9．0E+08拷贝／ml，结果在一个数量级范围内变化，说明结果没有变化，抗病毒治疗无效果。7．2E+08为7．2X108的意思。
乙肝病毒的抗病毒治疗效果的判断可以采用PCR方法动态检测患者血循环中HBV DNA，当患者经抗病毒药物治疗后，HBVDNA含量持续下降，然后维持在低水平，或低至方法能检出的含量(测定下限)以下，则说明治疗有效。观察抗病毒药物治疗效果不能凭二三次检测结果来判断，必须多次动态观察，每次检测的间隔日数不宜太短，一般为2周左右。因为到目前为止，人类对于病毒直到现在仍没有找到有效的杀灭方法，只能是用抑制病毒的药物如拉米夫定等治疗。而HBV一旦感染机体，即体内将终生携带该病毒，不可能出现所谓的“转阴”，使用PCR没有检出来，只是说明血液中病毒的含量低于所用方法能检出的量而已。
