该系统的主要影响因素是因在蛋白上引入标记物可导致蛋白生物活性改变，因为标记的结果，本质上是制造了一个由目的蛋白和标记物氨基酸序列融合而成新的蛋白。因此，使用该技术时，应该认识到是研究新的蛋白特性，而不是研究蛋白的原来特性。但实践经验表明这并不成为很大的问题，通过标记蛋白获得的信息可以采用针对原始未标记蛋白的抗体证实。 内容来自实验室前沿网站
第二方面的主要影响因素是在进行表位标记时，许多目前使用的标记物是由已知的蛋白(如myc基因产品)片段组成。这意味着抗标记物抗体不仅识别被研究的标记蛋白，同时还可能识别其他细胞蛋白，研究发现目前使用的针对许多表达载体标记物的抗体具有交叉反应性。为此应用的抗标记物抗体研究标记蛋白时，均应快速检测其交叉反应性。
此外，一些标记物系统受专利保护，并仅通过商业途径向外供应。这可能会给实验室的使用带来经济上的负担。
