最常用的检测方法是以培养的Hep—2细胞为抗原基质的IIF法。AFA荧光图形为间期细胞核仁清晰的块状着染(2～6个)，在分裂中后期细胞染色质呈边缘清晰的致密着染，借此可与其他核仁型抗体区别。 本文来自实验室前沿
以纯化的核、核仁为抗原基质的蛋白质印迹(免疫印迹)、免疫沉淀法也是常用的检测方法。三种方法均存在不足，免疫沉淀法可能会检测到其他snoRNP成分抗体而出现假阳性；IIF法及蛋白质印迹法可能将与原纤维蛋白分布或分子量相同其他核仁成分的抗体误认为是AFA。以cDNA克隆在真核细胞表达、修饰后的原纤维蛋白为抗原建立的蛋白质印迹、免疫沉淀法，将大大提高检测的特异性。
