寡核苷酸的纯化过程在DNA全自动合成仪上是自动进行的，但也有以下几种手工方法可以选择。 sysqy.com
1．NAP柱纯化
由Pharmacia公司生产，主要成分为SephadexG-25，经特殊处理后装成不同体积的小柱，常用的有NAP-10。含寡核苷酸片段的氨水溶液，调整体积为lml加样于NAP-10柱上(使用前以15ml双蒸水平衡柱子)以lml双蒸水洗脱，收集洗脱下的液体，即为纯化的寡核苷酸，NAP-10柱可以纯化长度在10mer以上的寡核苷酸，产率在90％以上。经NAP-10柱纯化后样品中盐的含量少于3％，完全可以满足实验的需要。
2．丙烯酰胺凝胶电泳纯化
从合成柱上洗脱的寡核苷酸片段，冰冻、干燥、去氨水，溶于适量水中后，点样于15％～20％丙烯酰胺凝胶制备胶上，按10v／C1TI条件电泳，过夜。电泳完毕后，取下凝胶于EB染色后观察，或直接将含寡核苷酸片段的凝胶置于硅胶荧光板上(CMC板)紫外线灯下，根据分子质量的标准切下所需的区段(呈黑色)，将胶块置于少量缓冲液(10mmol／LTris—HCl，pH8．0，lmmol／LEDTA，300mmol／LNaCl)中，捣碎胶块，25～42~C浸泡过夜(4～24h)，或将胶块置于有少量缓冲液的透析袋中，通电情况下，寡核苷酸片段即进入透析袋中。洗脱的寡苷酸核片段以乙醇沉淀、洗涤，真空抽干后即可应用。
