以大鼠食管上皮为基质的间接免疫荧光法是用来检测AKA的经典方法。用大鼠食管中段1／3的冷冻组织切片(4—6um)做基质，无需任何化学预固定。用10倍稀释的血清参与反应，根据荧光强度的主观阈值。可判断AKA为阳性或阴性。更普遍应用的方法是逐级稀释，直到荧光消失。出现荧光的最终稀释度为AKA的滴度。还有一种方法，即对1：10稀释血清反应的荧光强度进行半定量分析，可确定滴度的近似值。虽然后一种方法需要培训，但它节省时间和试剂，并允许应用荧光强度的客观阈值，而这种客观阈值与疾病的预诊指标相关。
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典型的AKA的荧光模式仅限于上皮角化层较强的线性分层的荧光。所有其他组织学的荧光模式，包括角质层和其他上皮层(角质基底层、角质棘层)，对RA均无特异性。由于只有IgG型AKA对RA是特异的，因此需用对IgG高度特异的第二抗体，以提高诊断的特异性。
人表皮是相似于大鼠食管上皮的角化上皮。(在小批量的典型高滴度的血清中以及大批量RA和非RA血清)，发现AKA可与人上皮角化层结合。然而，在这些组织基质片也抗表皮细胞角蛋白天然IgG自身抗体结合，这些抗体同时引起角质层和表皮层产生荧光。由于这些天然抗体出现在所有正常或非正常人血清中，其滴度的个体差齑螅訟KA阳性的RA血清在人上皮产生的荧光模式通常要受天然IgG抗体的干扰。故人皮肤不适于作为检测AKA的基质。其他动物的具有角化的鳞状上皮黏膜如鼠舌、兔和猴食管，用RA血清试验发现也适合于检测AKA。尽管如此，由于所有国际文献报道均是以大鼠食管为基质，故仍将大鼠食管作为标准基质。
用大鼠食管蛋白的蛋白质印迹技术检测AKA是可行的。在非变性的条件下，通过聚丙烯酰胺a!／ii电泳(PAGE)可清晰地分离出三种分子。同样条件下，经SDS-PAGE分离得到的碱性脲溶性人表皮丝集蛋白或中性／酸性水溶性同分异构体，都可用于丝集蛋白自身抗体的检测。间接免疫荧光法检测抗大鼠食管蛋白抗原的自身抗体和检测抗丝集蛋白自身抗体是高度一致的。尽管如此，这三种试验结果并不是绝对吻合的。
