生物化学是一门运用化学原理及方法研究生命的科学。它一方面是进行细胞组成成分的化学分析，另一方面是对这些成分在生命过程中所发生的化学反应进行分析，而组织化学正是利用这些化学反应原理来实现对组织细胞化学成分的定性、定位和定量研究。20世纪初，人类已经认识到组成蛋白质的20个标准氨基酸中的19种。E．Fischer提出蛋白质是由相邻氨基酸之间的肽链连接而成，并推论这些肽链是由一个氨基酸的。—氨基和相邻的羟基连接时脱去水而形成。到19世纪末，其他细胞成分，如脂肪、碳水化合物与核酸也被认知。甚至能被部分提纯。例如，FriedrichMiescher(1871年)在其细胞成分研究中，从死的白细胞核中分离出脱氧核糖核酸(DNA)。但是，当时这一重要发现并没有与遗传联系起来，几乎过于50年之后，才开始认识到DNA在遗传中所起的重要作用。因此，在生物化学的发展中对生物体大分子物质结构和功能的认识为组织化学奠定了基础。例如。在组织化学中对组织细胞成分中酶的检测，是将组织切片置于含有特异性底物的溶液中，溶液中的底物经组织切片中酶水解、氧化等作用形成反应产物，即初级反应产物。初级反应产物再与某种捕捉剂结合，形成有色的终产物使组织切片中的酶变成在显微镜下可见物，从而在原位检测酶活性，了解它的存在、分布和功能。
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