抗原的免疫化学定位和组织结构检测是早期免疫定位研究的最初目标。正如这些早期染色所示，最初的目的是证实病原体的存在部位；细菌、病毒经常是作为免疫检测的靶分子。除用于检测感染因子存在与否外，抗体染色成为检测致病因子的有用标志。随着抗体制备技术的发展，已能制备针对一些重要蛋白的抗体试剂，亦成为了解许多抗原特征的重要实验方法。
sysqy.com
在一些新近被证实的蛋白质分析中，首要的一步是对其组织的定位检测。
组织或整个器官的免疫染色可用于检测生理状态下抗原的定位。使用这些方法，在显像中可以了解抗原的分布，在体内状态下，对多细胞中标记的特殊细胞类型的定位，或者检测疾病组织中抗原的呈现。此方案一般要求数天时间完成多步操作，以及对所研究的组织结构需要有渊博的知识。在此过程中要求组织结构受损伤的程度较轻。因此，许多抗体在其他免疫方法检测中虽是很有效的，而在组织染色中的效果却不理想。
一种抗原是否容易通过组织染色的方法进行检测取决于以下4个方面的因素：①局部抗原的浓度及其结构；②抗原因固定而被修饰的情况；③抗体进入抗原部位的难易程度；④所用抗体的特异性。
在组织免疫染色中，影响信号强度的最重要的因素是抗原在局部环境中的呈现情况，抗原的局部浓度及表位构型。如在一个很小的局部环境中呈现大量完全一致的抗体结合位点，其抗原最容易被检测。而弥散的抗原即使呈现高浓度也难于检测，或与背景信号难以区别。
在组织免疫染色中抗原是否容易检测的第二个影响因素是组织的固定，因固定常可引起抗原结构的破坏。较好的固定方法是固定抗原，同时保持真实的细胞或亚细胞结构的完整性，并且使抗原表位无改变。但是，目前尚无任何一种固定方法可达到这个理想的目标。常发生许多抗原表位被掩盖或由于固定剂改变了抗原特性。
第三个影响因素是抗体是否容易到达抗原部位。如果某一组织允许抗体无阻碍地到达所有的细胞、亚细胞结构，免疫染色效果较好。固定后，抗体与抗原在组织中的结合比在培养的细胞中更难。有时隐蔽的抗原表位可以通过适度的蛋白酶处理或者加热使其暴露，但是，并非对所有抗原均有意义。
组织免疫染色成功的第四个决定因素是抗体的特异性。组织免疫染色特别要求抗体的特异性高，某些抗体在其他一些技术如免疫沉淀、免疫斑点中令人满意，但在细胞染色中可出现假象的交叉反应，而且这些交叉反应难以检测或证实。因此，需要特别细心地决定检测的信号是代表抗原的存在，还是假象或者是不希望见到的交叉反应。
