串联亲和纯化技术 酵母双杂交技术用于研究蛋白质—蛋白质间的相互作用，但由于其筛选步骤复杂、假阳性结果较多、难于量化，以及不易研究高级复合物间的相互关系，故远远不能满足大规模蛋白质组研究的需要，因此，与质谱联用的蛋白质纯化技术已成为当前蛋白质组学研究的重要工具。Rigaut等于1999年首先提出了串联亲和纯化(TAP)技术，它是利用一种经过特殊设计的蛋白标签，经过两步连续的亲和纯化获得更接近自然状态的特定蛋白复合物的技术，在一定程度上打破了制约蛋白质组研究的瓶颈。目前该技术已在酵母蛋白质组研究中应用。
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TAP技术在低浓度情况下也能高效富集目的蛋白质，并且纯化多在天然条件下进行，故可较好的保持靶蛋白复合物的空间结构，得到的产物可用于活性检测及结构分析。即可用于分析在稳定复合物中的蛋白质间相互作用，也可分析反应中蛋白质间的瞬时相互作用，鉴定与靶蛋白发生直接或间接相互作用的配体(核酸、脂类及多肽)，这都是传统双杂交技术所不可比拟的。与质谱连用的TAP技术将在解析生物蛋白复合体的功能方面发挥重要作用。
