由于当前对甲醛固定组织会发生什么样的化学反应，尤其是对蛋白质的立体构象会产生什么样的影响尚不十分清楚，因而，导致对抗原修复的机制也不十分清楚。可能的机制可归纳如下三条。 本文来自实验室前沿
第一，由于甲醛固定可使蛋白与甲醛、蛋白与蛋白、蛋白与核酸之间通过甲基之桥形成交联，抗原决定簇被遮蔽，可通过高温、盐缓冲液使交联的蛋白水解，断开交联。Beebe等(1999)的实验结果已证实，加温可以水解交联。他们用纯甘油作为抗原修复液，100℃加热10min，IHC检测存档的石蜡切片，结果6种标记物全部为阴性；当在纯甘油中二人10％蒸馏水后，结果在同一张切片上获得了满意的阳性结果。 内容来自实验室前沿网站
第二种观点认为组织用三醛固定时，会形成蛋白—甲醛—钙复合体，并遮蔽了抗原决定簇，可通过高温使钙离子释放。并与修复液中的钙螯合物—柠檬酸结合，使抗原决定簇暴露，这种假说也得到了实验的三实。Morgan等(1994，1997)用1％CaCiz作为抗原修复液，同样高温修复10min，IHC检测Ki67和血小板反应蛋白为阴性；用o．Olmol／L柠檬酸缓冲液进行抗原修复，获得了阳性结果。 本文来自实验室前沿
第三种观点认为，经甲醛固定后，可形成甲醛化蛋白的三维空间，加热后可恢复蛋三贡自然的三维空间，使抗原得以修复。抗原决定簇又称抗原表位(epitope)，是与相应抗体特性结合的部位，决定和控制抗原特异性的特殊化学基团，其抗原蛋白受到甲醛固定而使蛋白质三维结构发生改变，氨基酸侧链上的咪唑和吲哚基团(抗原活性基团)受到遮蔽，而影响抗原—抗体的结合。除了上述三种机制外，可能还存在其他的AR机制。
作者认为，在一个具有三维空间结构的天然蛋白质抗原分子中，由于存在于抗原分子表面的抗原决定簇易被抗体分子识别，从分子的立体构型来看，这些抗原决定簇常分布于抗原分子表面突出的位置上，即肽链的转角或末端；而有些抗原决定簇则被抗原分子本身掩盖在、内部，正常情况下不能被抗体分子识别，当用高温加热时，使蛋白质三维空间构象发生改变，使遮蔽的抗原决定簇暴露。这一点可以解释为什么某些抗原在冰冻切片上检测不到，而采用高温处理后，石蜡切片能得到很好地显示。另外，某些非交联剂固定的细胞涂片也用AR，获得了很好的结果。根据实践经验认识到，以上几种修复机理可能同时存在，也可能在不同条件下存在不同AR机理，这可能导致不同抗原检测需不同AR的条件。 内容来自实验室前沿网站
