乙肝“两对半”的临床检测应用极为常见，并且常将不同的阴阳性模式与乙肝患者的临床症状或过程联系起来，有的甚至进行乙肝“两对半”的定量测定，以判断乙肝患者临床治疗的效果。这中间存在对“两对半”结果应用的较大的误区，是对这些病原体感染者体内相应抗原抗体的发生发展以及与疾病状态和抗病毒治疗之间的关系不了解所致。目前针对感染性疾病抗病原体的药物治疗，主要有两类。一是杀灭，如梅毒和结核病的抗生素应用治疗；二是抑制，如乙肝和丙肝的抗病毒治疗。
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当治疗有效时，前者表现为病原体的消失，后者表现为病原体数量的动态性降低。因此，与治疗效果密切相关的是病原体存在与否或存在数量的多少。而抗体，因其本文来自实验室前沿是机体对病原体特定抗原成分的特异免疫应答产物，即使病原体因抗菌或抑病毒药物的应用已消失或大大减少，其也可能在体内存在相当长的一段时间或持续存在，其与病原体存在与否或存在数量无正相关关系。
也许有同仁要问，那么病原体抗原呢?其不是病原体上的一部分吗?应该说其含量高低与病原体之间有正相关了吧。这要具体情况具体分析。如上面提到的HBsAg和HBeAg就不行，因为HBsAg在乙肝患者血循环中以三种形式存在，即圆形颗粒、管形颗粒和Dan颗粒，其中只有Dan颗粒中存在乙肝病毒，但其仅占所有HBsAg的0．2％，其他绝大部分为空的圆形颗粒和管形颗粒，所以HBsAg和乙肝病毒之间自然就缺乏正相关。
而HBeAg通常与乙肝病毒存在之间有很好的正相关，其也是乙肝患者传染性强弱的一个主要血清学指标，按理应该可以作为乙肝患者抗病毒疗效的观察指标，实际上来自实验室前沿也有很多人在这样做，但由于乙肝病毒基因组的前C区常易出现点突变，使得HBeAg表达的缺失，此时血清HBeAg测定为阴性，但病原体仍大量存在。因此，HBeAg也不能作为乙肝患者抗病毒疗效观察的指标。
在乙肝“两对半”中，真正有定量测定价值的只有抗HBs，但这种测定也不是用于临床乙肝患者疗效观察，而是用于人群乙肝疫苗注射效果的判断，也就是说，当某人实验室前沿网站注射疫苗后，如外周血中抗HBs定量超过10mU／ml，则说明受免疫者具有对乙肝病毒免疫力，免疫力及持续时间与抗HBs含量高低应成正比。
总而言之，“两对半”结果的实质其实只是机体感染HBV后免疫应答结果的反映，与乙型肝炎的发生和发展过程并无必然的联系。因为绝大部分HBV感染者并不出现肝炎症状，而只是表现为携带者，但其同样会有免疫应答的产生，而得到不同的“两对半”结果模式。因此，从根本意义上来讲，“两对半”结果的阳性，反映的只是感染了HBV，与临床病情轻重可以说毫无因果关系。
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