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基因调节元件的特点及用途

时间:2011-11-05 01:05|来源:实验室前沿| | 分享|点击:


基因调节元件的测绘和分析(gene regulatory elements mappmg and analysis,GREMA)技术是由加州大学圣地亚哥分校(UCSD)付向东博士领导的研究小组发明的,并已经独家授权给ASB做商业开发。这一技术通过以下方法克服了第一代ChIP—Chip分析的限制。首先它不用免疫沉淀的DNA材料(仅以DNA作为寡核苷酸连接的模板)进行两轮DNA固相化靶标筛选,以增强免疫沉淀的DNA的特异扩增;另外,它在探针标记过程中采用了独特的40bp的人基因组启动子区来杂交,以提高特异性和效率。结合96孔磁样品分离过程,GREMA技术可以对任何有机体实现高通量的基因转录调节测绘,同时通过每一步骤中独特的质量控制,可以保证这一过程的高敏感性和特异性。 织梦好,好织梦

 
    1.GREMA的特点
    GREMA技术初创产品是一种新的包含40bp寡核苷酸探针的2万个人启动子微阵列(启动子芯片或ChIP—GLAS,chromosome immunoprecipitation—guide ligation and selection)。GREMA技术包含了染色质免疫沉淀技术,即用化学固定将转录因子与结合的启动子交联起来,然后超声破碎DNA以进行球珠免疫沉淀(结合DNA的富集或IP—DNA)。在完成IP—DNA摸板引导的寡核苷酸交联后,标记探针与启动子阵列杂交,最后做芯片扫描和数据分析,以阐明TF与所结合的启动子间的相互作用。
 
    通过以下手段能够实现GREMA的高敏感性和特异性:①在样本制备和捕获DNA(启动子DNA)中,采用抗某种TF的抗体特异富集交联的DNA/蛋白复合物,进一步通过生物素化过程固定在一种固体表面(亲和素包被的管壁)上;②固定在表面的DNA(富集的启动子片段)变性后用作DNA摸板,以引导一对寡核苷酸的Taq酶连接(每一寡核苷酸对与一种特异的启动子DNA匹配);③连接成的DNA片段用标记引物在一只管中进行2万对PCR的同时放大,这种PCR产生的探针再与载有2万个人启动子DNA的启动子微阵列
(GALC—chip)杂交。
 
    2.GREMA技术的用途   
    (1)DNA结合蛋白与基因组DNA的相互作用。
    (2)转录因子与启动子的相互作用。
    (3)启动子甲基化。
    (4)DNA损伤。   
    (5)已知或未知基因的功能。
    (6)转录因子。
Tags:用途,特点,调节,基因,DNA,启动,GREMA,技术,结合
责任编辑:何辉

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